An der MPK nehmen sowohl die Regierungschefinnen und Regierungschefs als auch die Chefinnen und Chefs der Staats- und Senatskanzleien teil.
Die Vorbereitung der MPK erfolgt durch die Konferenz der Chefinnen und Chefs der Staats- und Senatskanzleien der Länder (CdS-Konferenz). Diese beschließt einzelne Punkte und spricht ggf. Beschlussempfehlungen für die MPK zu einzelnen Tagesordnungspunkten aus. Die Tagesordnungspunkte ergeben sich aus den Themenanmeldungen der Länder und aus der Fortsetzung der Beratungen über die Themen vorangegangener Konferenzen. Grundsätzlich sind der CdS-Konferenz und der Ministerpräsidentenkonferenz getrennte Beratungen der A- und B-Länder vorangestellt. In dieser legen sie ihre Verhandlungsposition zu den jeweiligen Themen fest.
Bei besonderen Themen erfolgt die Beratung in vertraulichen Gesprächsrunden, den sogenannten "Kamingesprächen".
Die Grundlage dieser Arbeitsweise ist in der Geschäftsordnung der MPK festgeschrieben. Entscheidungen können nur mit der Zustimmung von mindestens 13 Ländern getroffen werden, bei Entscheidungen über die Geschäftsordnung der MPK, bei haushaltswirksamen Angelegenheiten und der Schaffung von Gemeinschaftseinrichtungen ist die Einstimmigkeit der Länder erforderlich.